Gemeentemusea Deventer wil een aantrekkelijk publiekspodium zijn voor erfgoed en kunstuitingen in het algemeen en van de Deventer geschiedenis en cultuur in het bijzonder. Het samenbindende, innovatieve en creatieve vermogen van erfgoed en kunst laat de musea functioneren als een cultureel oriëntatiepunt en draagt voor de bewoners en bezoekers van Deventer bij aan de zeggingskracht van de stad.
Speelgoedmuseum Deventer en Historisch Museum Deventer vormen samen Gemeentemusea Deventer. De organisatie heeft de werkzaamheden ondergebracht in de afdelingen Collectiebeheer & Tentoonstellingen, Marketing & Public Relations, Educatie & Evenementen en Bedrijfsvoering. Er zijn 14 gemeentelijke medewerkers, circa 20 inhuurkrachten en circa 45 vrijwilligers werkzaam. Het merendeel van de vrijwilligers is werkzaam voor de educatieve activiteiten en in de VVV-Museumwinkel.
De Deventer musea maken deel uit van een uitgebreid netwerk van relaties en partners. Niet alles is op dit gebied te noemen en de intensiteit van samenwerking wisselt jaarlijks. Landelijk is er contact via de Nederlandse Museumvereniging, provinciaal via Kunst & Cultuur Overijssel en de musea in de steden langs de IJssel. Dit leidt tot gezamenlijke tentoonstellingsprojecten en tot afstemming bij het museumbeleid en op collectiegebied.
Op lokaal niveau wordt met alle erfgoedpartners samengewerkt, bijvoorbeeld het Stadsarchief, Vereniging De Waag, de Athenaeumbibliotheek, Archeologie Deventer en Stichting Industrieel Erfgoed Deventer. Dit leidt tot afstemming op collectiegebied, het bieden van tentoonstellingsruimte en publicaties. Op onderwijsgebied is er samenwerking met de Werkgroep Deventer Onvoltooid Tegenwoordige Tijd (DOVT), De Leeuwenkuil, het Kunstenlab en Havenwerk. Dit leidt onder meer tot lespakketten, cursussen en workshops. In de marketing en publieksbenadering is er samenwerking met VVV Deventer, Stichting Promotie Deventer Musea, het Bureau Hanzesteden langs de IJssel en Spelen op de Brink.